Egy eszközhöz való kapcsolódás után a hálózati szakember már képes annak konfigurálására. A beállítás számos IOS-mód használatával végezhető el. A Cisco IOS parancssori módjai azonosak forgalomirányítók és kapcsolók esetében.
Hierarchikus sorrendjük az egyszerűbbtől a speciálisabb módok felé a következő:
- Felhasználói mód (User EXEC)
- Privilegizált mód (Privileged EXEC)
- Globális konfigurációs mód
- További specifikus konfigurációs módok, például interfész konfigurációs mód
Minden módhoz különböző készenléti jel (prompt) tartozik, valamint egy utasításkészlet, mely a módra jellemző feladatok elvégzését teszi lehetővé. A globális konfigurációs mód például a teljes eszközre hatással lévő beállítási lehetőségeket tartalmaz, többek között itt adható meg az eszköz neve is. Más mód szükséges azonban egy kapcsoló portjának biztonsági beállításaihoz. Ebben az esetben a hálózati szakembernek az adott port interfész konfigurációs módjába kell belépni. Az itt végrehajtásra kerülő összes parancs csak erre a portra érvényes.
A hierarchikus struktúra védelmet is biztosít, hiszen a különféle módokhoz más-más felhasználói azonosítás állítható be, így vezérelhetők a kezelőszemélyzethez rendelt jogosultsági szintek.
Az ábrán az IOS-módok készenléti jelei és jellemző sajátosságai láthatók.