Rysunek przedstawia różnice między OSPFv2 i OSPFv3:
- Komunikaty - OSPFv2 rozgłasza trasy IPv4, podczas gdy OSPFv3 rozgłasza trasy protokołu IPv6.
- Adres nadawcy - adresem źródłowym komunikatów OSPFv2 jest adres IPv4 interfejsu wyjściowego. W OSPFv3 komunikaty wysyłane są ze źródłowego adresu link-local interfejsu wyjściowego.
- Adres grupowy wszystkich routerów OSPF - OSPFv2 używa adresu 224.0.0.5, w OSPFv3 stosowany jest adres FF02::5.
- Adres grupowy dla DR/BDR - OSPFv2 używa adresu 224.0.0.6, natomiast OSPFv3 - FF02::6.
- Ogłaszanie sieci - w protokole OSPFv2 sieci są dodawane do ogłoszeń przy pomocy komendy network w trybie konfiguracji OSPF; w OSPFv3 sieci ogłasza się komendą ipv6 ospf id-procesu area id-obszaru w trybie konfiguracji interfejsu.
- Routing IP typu unicast - domyślnie włączony w IPv4; w IPv6 należy go włączyć poleceniem ipv6 unicast-routing w trybie konfiguracji globalnej.
- Uwierzytelnianie - w OSPFv2 stosowane są dwie metody uwierzytelniania: jawny tekst i MD5. OSPFv3 używa uwierzytelniania IPv6.